Родился в галицкой аристократической семье Шептицких, сын графа Ивана Шептицкого и его супруги Софии, дочери известного польского драматурга графа Александра Фредро. Брат митрополита Андрея Шептицкого. Окончил гимназию святой Анны в Кракове, учился в университетах Кракова, Мюнхена и Парижа, в 1892 году получил степень доктора права в Ягеллонском университете (Краков). Одновременно окончил Институт лесничества.
Работал адвокатом, помогал отцу управлять семейными имениями, являлся членом галицкого сейма. В 1900−1907 годах был депутатом австрийского парламента, соавтор «Общего австрийского закона о лесах». Автор работ по вопросам сельского хозяйства, председатель Галицкого лесничего общества. Как общественный деятель Галиции сыграл значительную роль в том, что его брат Андрей стал греко-католическим митрополитом. В 1907 году отошёл от политической деятельности, занялся хозяйственной работой в имении, где построил церковь для греко-католиков.
В 1911 году поступил в бенедиктинский монастырь в Байроне, в 1912 году перешёл в греко-католический монастырь Студийского устава в Каменице в Боснии, где принёс монашеские обеты и получил имя Климент. В 1915 году стал иеромонахом. Получил богословское образование в университете Инсбрука.
В его монастырской келье были лишь железная кровать, шкаф с книгами, столик и клячник, на котором молился перед Распятием.
Являлся настоятелем Студийского монастыря, находившегося в Униве, с 1926 года — игумен Свято-Успенской Уневской лавры. Сыграл значительную роль в истории греко-католического монашества в XX веке.
В 1935 году, после ареста отца Леонида Федорова, митрополит Андрей Шептицкий назначает архимандрита Климентия, своего младшего брата, Экзархом Великой России и Сибири. Но тот фактически не имеет возможности управлять Экзархатом, пребывая на тот период во Львове, где помогает больному митрополиту в его работе.
В 1936—1937 годах, совместно с митрополитом Андреем Шептицким, составил устав для монахов-студитов, известный под названием «Типикон». Участвовал в основании женского студитского монастыря в Якторове, монастыря в Канаде. Был членом Богословского научного общества, читал лекции в университете Инсбрука.
С 1939 года — руководитель Украинского католического института Церковного объединения имени митрополита Рутского.
В 1939 году был назначен греко-католическим экзархом Апостольского экзархата России. Во время Второй мировой войны участвовал в спасении евреев на Украине — их прятали в монастырях, а затем переправляли в венгерскую Украину.
Осенью 1944 году, после освобождения Украины советскими войсками, новый греко-католический митрополит Иосиф Слипый возвёл Климентия Шептицкого в сан архимандрита монахов Студийского устава и назначил руководителем делегации на переговорах с органами советской власти, которая была принята в Москве председателем Совета по делам религиозных культов при Совнаркоме Иваном Полянским.
Однако руководство СССР взяло курс на ликвидацию унии и присоединение греко-католиков к Русской православной церкви. В 1945 году все униатские епископы были арестованы (никто из них не согласился перейти в православие), и церковь фактически возглавил престарелый архимандрит Климентий, который призывал священников не соглашаться на переход в юрисдикцию Русской православной церкви. Летом 1945 г. собрал 61 подпись греко-католических священников под просьбой освободить арестованных епископов и прекратить преследование грекокатоликов.
Власти запретили ему жить во Львове; последний период жизни на свободе он провёл в Униве. Направил в Ватикан письмо с описанием преследований, которым подвергались грекокатолики. Это письмо было перехвачено органами НКВД, что и стало поводом для его ареста.
5 июня 1947 года архимандрит Климентий был арестован в своей келье во время вечерней молитвы. С 27 июня 1947 года содержался в Киевской внутренней тюрьме МВД. В его биографии сказано, что именно в её стенах отец Климентий испытал наибольшие издевательства, о чём свидетельствуют протоколы допросов, проходивших преимущественно ночью. Энкаведисты разными способами пытались сломать его. Побоями, физическим и моральным надругательством, шантажом, запугиванием, сочувствием, льстивыми обещаниями. Следователь неоднократно предлагал ему отречься своей веры, перейти в юрисдикцию Московской патриархии, обещая отпустить его в монастырь. Архимандрит оставался непреклонным в своем святом убеждении, оставался верным христианским идеалам. Заключенные, которые были вместе с отцом в камере, единодушно утверждают, что о. Климентий никогда не высказывался плохо о следователях, которые его пытали.
«Для меня тюремная камера — это монашеская келья. Живу так, как жил бы в монастыре. Радуюсь тому, что могу много молиться, что могу все это переносить и жертвовать себя Господу Богу… Думаю, что мы последние жертвы теперь, и что Господь все скоро переменит к лучшему. Это может произойти через короткое время. Только будем молиться, иметь доверие к Господу Богу, не сомневаемся в том, что ничего не случается без Божьей воли, и Пречистая Дева Мария и наши святые покровители помогут нам» (Бл. Климентий).
Сокамерник Р. Новосад спрашивал о. Климентия, не тяжело ли ему переносить бремя режима. На что отец отвечал: единственное, что его беспокоит, это то, что нет возможности служить достойно Богу и людям, которых он оставил в монастыре и в селах.
Бывший узник советских тюрем Иван Кривуцкий так описывает первую встречу с отцом Климентием в Киевской тюрьме: «Высокого роста, худощавый, с длинной белой бородой, немного сутулый, с палочкой. Движения медленные, спокойный, лицо и глаза приветливые. Мне напомнил святого Николая… Занял свободную кровать — первую справа от двери. Сел на краешек, сложил руки на палочку, подбородок — на руки и задумался… Мы не ожидали такого «преступника» в нашей камере».
«Ежедневно утром и перед сном отец Климентий подходил к окну на расстоянии более одного метра (ближе не разрешалось), опершись руками на палочку, склонял голову и шепотом молился, — вспоминает узник Кривуцкий. — В тюрьме архимандрит щедро делился скромными посылками, которые приходили от сестер-монахинь. Однажды на Пасху он получил три освященных яблока и по половинке раздал всем сожителям по камере. С большим трепетом все потребили освященный подарок — так отпраздновали Пасху».
«Наблюдая ежедневно поведение архимандрита, его настоящее посвящение себя Богу, неоспоримую преданность вере своих предков, любовь к своему обездоленному народу, я уже тогда размышлял, что такие люди должны быть зачислены в список того множества мучеников, великомучеников, святых, которыми заполнен наш церковный календарь. Уже тогда я понимал, что имел счастье общаться со святым человеком», — вспоминает Р. Новосад. Даже в тюрьме архимандрит вел аскетично-молитвенную жизнь: сразу после пробуждения молился, соблюдал посты. Р. Новосад вспоминает, что однажды «отец Климентий объявил так называемое говенье…, просил всех молиться. Когда закончилось следствие, я с превеликим сожалением расставался с незаурядным человеком ангельской доброты и душевной щедрости».
Архимандрит Климентий в заключении
После года следствия, почти восьмидесятилетнего старца, немощного и обессиленного болезнями, приговаривают к восьми годам заключения и отправляют во Владимирский централ в Россию. Бывшая сотрудница централа В. Ларина вспоминает: «Был он очень высокий, с бородой. Когда мы приносили еду, он всегда улыбался. И часто смотрел в окно». Кажется, улыбка была единственным орудием для о. Климентия, чтобы проповедовать Евангелие, и то орудием лучшим для того времени. Глядя в глаза смерти, старец еще имел силу улыбаться.
1 мая 1951 года в 21 час. 30 минут скончался в тюремной больнице. Так называемые похороны отца Климентия состоялись 3 мая в три часа ночи. Его тело было просто сброшено в заранее приготовленную яму и засыпано землей без всяких внешних знаков.
14 февраля 1995 года израильский Институт Катастрофы и героизма «Яд ва-Шем» присвоил Шептицкому почётное звание «Праведник народов мира» за спасение евреев в период Холокоста.
27 июня 2001 года Папа Римский Иоанн Павел II во Львове причислил архимандрита и второго экзарха РКЦВО Климентия Шептицкого к лику блаженных.
Бл. Климентий Шептицкий
В 2005 году в селе Унев Перемишлянского района Львовской области была открыта мемориальная доска в честь митрополита Андрея и блаженного архимандрита Климентия Шептицких за спасение еврейских, украинских и польских детей в годы Второй мировой войны.
Князь-Владимирское кладбище … Рядом в нескольких метрах — тюрьма. К ее стене прижались безымянные могилы. Заросшие и неухоженные, они стоят, словно полынь, вдоль дороги. Чтобы добраться до какой-то могилы, надо приложить много усилий. Здесь царит покой. Уже не слышно криков следователей, не брякают ключами надзиратели… Где-то тут покоятся мощи блаженного священномученика Климентия. Первые попытки найти его останки оказались неудачными. Поиски продолжает организация «Владимирский некрополь».
В 2006 г. администрация города Владимира приняла решение установить стелу, чтобы дать возможность разместить на ней мемориальные доски. Сначала появились доски в память эстонского генерала и государственного деятеля Йохана Лайдонера, польского вице-премьер-министра Яна Станислава Янковского и японских военнопленных. Однако со временем становится известно всё больше имён политических деятелей, отбывавших срок и умерших в этой тюрьме.
Стела с мемориальными досками в честь: министра иностранных дел Литвы Мечисловаса Рейниса, главнокомандующего Вооруженными силами Эстонии генерала Йохана Лайдонера, государственного деятеля Польши Яна Станислава Янковского; японских военнопленных, украинского архимандрита Климентия (Шептицкого), признанного блаженным священномучеником за мученическую смерть во Владимире.
30 октября 2010 года в рамках Всероссийского дня памяти жертв политических репрессий представители администрации Владимирской области и посольств Литвы и Украины открыли ещё две мемориальные доски: с именами Мечисловаса Рейниса и украинского митрополита греко-католической церкви Климентия Шептицкого.
Могила Климентия Шептицкого на Князь-Владимирском кладбище
