Покровский женский монастырь основан в 1165 г. кн. Андреем Боголюбским в память сына его Изяслава, скончавшегося в 1165 г. Сразу после построения храма Покрова, князь Андрей… «обитель монашествующим при ней содела». Монастырь при Покровской церкви сначала был женским, впоследствии, а когда неизвестно, Покровский женский монастырь превращен был в мужской.
С учреждением в 1589 г. патриаршества он перешел в ведение патриарха и назывался патриаршим домовым монастырем.
В 1708 г. Николай определен во игумены Николо-Волосовского монастыря, в 1718 г. переведен в Усть-Нерлинский монастырь.
Во второй пол. XVII в. Покровский монастырь получил крупные пожалования на сенокосы и рыбные ловли, что позволило поправить его материальное положение и провести серьезные ремонтные работы. По окончании их в 1673 г. храм Покрова на Нерли был освящен. В это время здание получило четырехскатную деревянную кровлю; ветхие галереи были отломаны и на их основании построена южная паперть - кирпичная, со сводчатым подвалом. Кровля еще долгое время оставалась покрытой тесом, а глава – «чешуею», то есть деревянным лемехом. Храм иногда затоплялся во время разливов, когда подступала «под самую церковь полая вода, от которой и фундамент подмывается и из стен исподние камни обивает льдом».
Есть предание, что село Новое составилось из нескольких мелких ближних селений по уговору крестьян, принадлежавших Покровскому монастырю. Во владении этого монастыря село и находилось до упразднения монастырских вотчин. В нач. XVII в. в селе Новом существовала церковь, что видно из записей в патриарших окладных книгах, где под 136 (1628) годом значится: «церковь св. пророка Ильи в селе Новомъ въ вотчине Покровскаго монастыря, что усть р. Нерли…дани 11 алтынъ 5 денегъ, намъстничьихъ 5 денегъ, тiунскихъ 2 деньги…». В 1656 г. эта церковь платила дани «рубль 7 алтынъ». В 1695 г. сюда был выдан из патриаршего приказа новый антимис «на старый престолъ». В 1700 г. в селе Новом была построена новая деревянная церковь, освящал ее игумен Покровского монастыря Никон.
В нач. XVIII в. Петром I началось сокращение числа монастырей, доход которых он предполагал пускать на нужды государства. Маленькие обители, где число монахов не превышало 30 человек либо объединяли с другими монастырями, либо совсем закрывали.ь Любецкий Успенский монастырь избежал участи закрытия и был приписан к Покровскому монастырю на реке Нерли. Указом Св. Синода от 31 октября 1722 года «малобратные Покровской и Любецкой монастыри с монастырскими заводы, и со крестьяны, и с пашнею, и с лесы, и с сенными покосы и со всеми тех монастырей угодьи» велено было приписать к Синодальному Волосову монастырю «и обретающихся в том монастыре монахов перевесть в тот Николаевский монастырь». С образованием в 1724 г. Синода монастырь поступил в синодальное ведомство.
Вспышка крестьянского недовольства имела место в ноябре 1743 г. в приписном к Покровскому, что на Нерли, монастырю селе Новом. Крестьяне отказали в даче монастырю продуктов и «наглостью своею заявили», что «в послушании у игумена быть не хотят»; чтобы нанести окончательный удар запасам монастыря, крестьяне сожгли хлебный овин в с. Новом, принадлежавший монастырю. «Июня 17. По доношению Володимерского уезду Синодального Покровского монастыря, что усть реки Нерли игумена Николая того монастыря села Нового сокрестьян доходов дворцового приказу на сей 732 год двенатцать рублев тритцать девять копеек споловиною».
В 1744 году из Московской Синодальной области выделена была в качестве самостоятельной Владимирская епархия, первым епископом которой назначен был в 1748 году Платон Петрункевич. Епископ Платон застал Покровский монастырь в ведении Боголюбовского настоятеля, причем самого настоятеля не оказалось на лицо. В указе от 31 августа 1749 года епископ Платон писал: «Понеже за безизвестным побегом Боголюбовского и Покровского монастырей настоятеля игумена Иннокентия, оные монастыри ни в чьем досмотре не состоят, того ради до дального рассмотрения оный Боголюбовский и Покровский монастыри поручить в досмотр и управление бывому Волосова монастыря игумену Матфию, обретающемуся ныне праздно в Цареконстантинове монастыре». В начале 1752 года Покровский монастырь, по распоряжению епископа Платона, получил своего настоятеля, отдельного от Боголюбова монастыря. Новому настоятелю игумену Михаилу велено было «в Покровском монастыре иметь жительство и церковное и всякое строение исправлять безизятно и неопускно». В январе месяце 1752 года игумен Михаил вступил в консисторию с докладом, в котором нарисовал мрачную картину внешнего упадка и разрушения порученной ему обители. «На соборной каменной церкви глава деревянная и кровля тесовая весьма обветшали и оная церковь вся почернела... Деревянная теплая церковь знатно из давних лет от ветхости вся обвалилась и пол внутри ея упал, а кровли на ней не имеется. Тако ж и прочия монастырския строения весьма в ветхости, а ограды вокруг того монастыря и ничего нет». Средствами к возобновлению всех этих ветхостей монастырь, по словам настоятеля, не располагает, а крестьяне монастырские чинят ослушности и никакого содействия в стройке оказать не хотят, «так что, заключает игумен Михаил свой доклад, я именованный имею немалое опасение, дабы оное церковное и монастырское строение не пришло в последнее обветшание и упадение». Консистория, заслушав доклад, постановила препроводить его в Синодальную канцелярию экономического правления. Доклад не возымел действия. Игумену Михаилу не суждено было возобновить монастырские ветхости, так как 1 декабря 1753 года он скончался после непродолжительной болезни. По обычаю была произведена опись всего монастырского строения и имущества, и она показала, что доклад игумена, сделанный в 1752 году, нисколько не заключал в себе преувеличений. О деревянной церкви в описи находим, напр., такие замечания. «Вторая церковь деревянная теплая во имя трех святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустаго. Ныне оная церковь вся обветшала, кровли нет, пол от полыя воды весь обвалился и престола в оной церкви уже не имеется». Утварь церковная, вся ветхая, из этой церкви, по словам описи, перенесена бывшим игуменом Абрамом от потопления полой воды в соборную церковь. На теплой церкви некогда имелась деревянная колокольня, но теперь колокольня помещалась над святыми вратами. На колокольне было больших и малых колоколов пять. Опись дает подробные сведения и о ризнице монастыря. В ней, в числе разной обветшалой церковной утвари, хранилось и несколько жалованных грамот, а именно: 1) Грамота уставная в столбце Великого Господина Святейшего Иоакима патриарха Московского и всея России 7185 (1677) году декабря 22 дня за приписью дьяка Алексея Дурова. 2) Грамота в столбце Царя и Великого Князя Алексия Михаиловича всея России на рыбные ловли 7155 (1647) году февраля 12 дня за приписью дьяка Ивана Владычкина. 3) Грамота Царя и Великого Князя Феодора Алексиевича всея России на рыбные ловли 7185 (1677) году августа 7 дня за приписью дьяка Ивана Казаринова. 4) Грамота в столбце Святейшего Питирима патриарха о освящении церковнем 7181 (1673) году сентября 6 дня за приписью казначея старца Тихона Обанина. 5) Грамота Великого Господина Святейшего Иоакима патриарха Московского и всея России на сенные покосы 7190 (1682) году августа 13 дня за приписью дьяка Алексия Дурова. Кроме сего в монастыре хранились две выписи писцовыя в столбцах князя Григория Шеходского, одна за приписью дьяка Ивана Хрипкова, вторая за приписью дьяка Стефана Венедиктова. Кроме настоятельской двойной кельи, на монастырском дворе стояла келья братская, крытая драньем, и келья поваренная, крытая тем же, амбар хлебный — под ним погреб и два сарая, крытые соломой. В монастырской вотчине в с. Новом Покровский монастырь имел скотный двор, скотную избу и монастырскую житницу, крытые драньем. Убогому внешнему состоянию монастыря соответствовало и количество насельников запущенной обители. В 1753 году, после смерти игумена Михаила, в монастыре осталось три монаха: иеромонах Фока, монах Иоасаф да содержащийся в монастыре по следственному делу монах Гурий. Монастырь являлся таким образом в подлинном смысле мало-братственным. Содержать большое число иноков не позволяли материальные средства монастыря. В 1758 году, напр., весь денежный приход монастырский выразился в скромной сумме 64 руб. 71 коп. Из них с вотчинных крестьян с. Нового поступило оброчных денег 18 рублей, за рыбныя ловли в с. Ославском — 6 руб., за отданные пожни «осинки» 12 руб., за проданный скот 2 руб. 40 коп., за проданный хлеб и солому 18 р. 6 к., 3 руб. собрано от доброхотнодателей на Нерльском перевозе с образом Покрова Пресвятой Богородицы и 4 р. 70 коп. занято заимообразно на покрытие монастырских нужд; от прошлого года оставалось 55 коп. В счет этой суммы покупалось вино, свечи и масло, выдавалось жалованье монашествующим, покупались нужные припасы к содержанию братии, содержался солдат инвалид Михаил Деревенцев, уплачено в экономию 6 руб. и кроме того приобретена за 88 коп. на прибытие Преосвященного, в поклон ему (разумеется архиепископ Антоний Грузин) голова сахару. Неудивительно поэтому, что после смерти Михаила в Покровский монастырь снова не был назначен игумен и монастырь поручен во временное заведывание иеромонаху Иосифу. Впрочем, это продолжалось недолго. В монастырские времена церковь Покрова обросла необходимым для обители разнообразным строением. В пару к холодному храму построили теплую Трехсвятительскую церковь. Опись 1763 г., составленная накануне упразднения монастыря, указывает год постройки этой церкви - 1761 г. В 1763 году во главе монастыря видим уже самостоятельного игумена Авксентия. О нем узнаем из одного дела, интересного как для обрисовки состояния монастыря, так и для характеристики тогдашнего времени. В июне месяце 1763 года в Покровский монастырь, за неимением монашествующих, был прислан для священно-служения вдовый священник с. Нармочи Алексей Васильев. Присланный священник недолго пожил в подневольном месте своего служения. В октябре месяце того же года, взяв временный отпуск на поездку во Владимир, он назад не возвратился, а оказался на месте своего прежнего служения в селе Нармочи. Беглеца силой возвратили в консисторию, и консистория, по рассмотрении дела, определила: «за самовольную отлучку, а паче за неисправление положенных паннихид (в октябре месяце в период отлучки были опущены священником Васильевым царские панихиды) учинить плетьми наказание и обвязать подпискою впредь таковых отлучек не учинять». Мягкосердечный епископ Павел смягчил консисторский приговор и на консисторском протоколе написал резолюцию: «наказание оставить, а вместо того определить его в том же Покровском монастыре на два месяца во всякую черную работу». Но обстоятельства сложились так, что виновному не пришлось вполне воспользоваться милостью, дарованною снисходительным Владыкою. Перспектива дальнейшего пребывания в Покровском монастыре показалась священнику Алексею Васильеву слишком тяжелою, и когда ему предложили подписаться в том, что он обязывается впредь пребывать в монастыре безотлучно, он требуемое согласие дать отказался. Повытчик донес о дерзостях свящ. Васильева в консисторию, после чего он потребован был в присутствие для объяснений. Объяснения допрашиваемого имели резкий характер. «И как он только взошел пред собрание, говорится в консисторском журнале от 23 декабря 1763 г., то с немалым азартом и крайнею неучтивостью выговорил такия слова: «я де лучше утоплюсь, а в монастыре жить не буду». После сего свящ. Васильева заковали в цепи, а Преосвящ. Павлу представили на утверждение мнение следующего содержания: «Оного священника за таковыя им в судебном месте продерзостно выговоренныя слова, по силе Генерального Регламента 21 главы, коею в судейской камере не только приходящим, но и членам лишняго говорить запрещено под опасением за преступление изображенного штрафа, задержать при консистории через два месяца в цепи, и отослать его в монастырь на таковом же основании, как предписанным определением и резолюциею Его Высокопреосвященства заключено». Еп. Павел на докладе консистории написал: «Быть по сему». Таким образом, Покровский монастырь получил вторично священно-служителя, подневольное пребывание которого в монастыре едва-ли могло сопровождаться благими последствиями для обители и быть желательным с точки зрения ее интересов. В 1764 году Покровский монастырь на реке Нерли, за неположением в штат, велено было упразднить и учинить приходскою церковью. Во Владимирской консистории, по выслушании указа, постановлено было для священно-служения при Покровском монастыре «определить священника, дьячка да пономаря от двойников с. Боголюбова от церкви св. Богоотец Иоакима и Анны, а на пропитание им отделить от оной же Иоакиманской церкви половинное число приходских дворов — 96, да из написанной за оным Покровским монастырем по крепостям состоящей при с. Новом пашенной земли, в силу писцоваго наказа, по 10 четвертей в поле, а в двух по тому же, всего тридцать четвертей, и сенных покосов на четверть по копне — тридцать же копен, а мерою сенных покосов три десятины». Священником к новоучрежденной приходской церкви назначен был старший священник Боголюбовского прихода Матфей Лаврентьев, человек престарелых лет, который вскоре же заявил, что ему «по старости лет ходить в тот Покровский монастырь крайне трудно». Просьба признана была основательною, и престарелого священника сменил его младший собрат по Боголюбову Андрей Феодоров, которому сдали вновь церковное имущество, велели ключи от церкви держать у себя, «а для досмотрения церкви посылать временно как дьячка, так и пономаря, которым исполнять то безотговорочно». Последний игумен Покровского монастыря Авксентий впредь «до убылыя вакансии» послан был для проживания в Цареконстантинов монастырь. Но, кажется, он так и не дождался восстановления в прежнем положении. В 1765 году за самовольные отлучки из Цареконстантинова монастыря, за поносительные и угрозительные слова настоятелю сего монастыря архимандриту Авраамию, консистория определила лишить Авксентия игуменского сана и послать в число братии Арзамасского Спасского монастыря, и только Преосвященный Павел по обычаю смягчил строгий консисторский приговор и в резолюции написал: «Сан ему по прежнему оставить, а велеть в том же Цареконстантиновом монастыре в церкви во время службы через две недели на всякий день класть по сту земных поклонов под присмотром, кого к тому определит архимандрит. По исполнении же сего отправить его на жительство в Козмин монастырь на том же основании, на каком был определен в монастырь Цареконстантинов». Из церковного архива документов видно, что с 1764 г. в Боголюбове было два причта. Второй причт образовался оттого, что упраздненный Покровский монастырь на р. Нерли был при писан к церкви села Боголюбова, а поэтому до 1821 г. выдавался сюда двойной экземпляр метрик и др. книг: один для причта Покровского монастыря, а другой для Иоакиманской церкви. Настоятель Боголюбова монастыря игумен Парфений в июле месяце 1784 г. писал: «Ныне та Покровская церковь, по неимению должного присмотра, приходит в ветхость да и починивать ее, по малоимению определенных к ней приходских дворов, некому. И к тому ж оная церковь состоит одна на пустом месте и никакого караула нет; а хотя и прежде для караула при оной от Владимирского баталиона и находились солдаты, но и оные ныне отрешены. Прочих обывательских домов ни одного не имеется, и потому оная церковь совсем, чего Боже сохрани, расхищена быть может». Для предупреждения такой опасности игумен Парфений просил епископа Виктора, «в рассуждении чего, желаю я, если архипастырское Вашего Преосвященства благоволение будет, оную Покровскую церковь разобрать и по близости места расстояния перевезти в оной Боголюбов монастырь для употребления в новостроющияся монастырския святыя врата, и на тех вратах устроить церковь настоящую во имя того ж храма Покрова Пресвятыя Богородицы с приделом святаго Андрея Первозванного». Епископ Виктор, к которому обратился с такой просьбой игумен Парфений, как и его ближайшие предшественники, не принадлежал к числу лиц, ценивших старину и дороживших ею. На прошении игумена Боголюбова монастыря им положена резолюция, последствия которой нетрудно было предугадать. «Покровскую церковь», написал епископ Виктор, «через благочинного освидетельствовать, какия именно имеются ветхости и способна ли впредь к исправлению священно-служения. А потом при священниках тамошних прихожан спросить, что они те ветхости, какия сыскаться могут, починить в состоянии ли, — и по учинении сего представить нам». Освидетельствование церкви благочинным подтвердило вполне сообщение Боголюбовского настоятеля. «По досмотру в той церкви», писал благочинный, «в иконостасе святыя иконы многия обветшали, в верхних сводах имеются скважины, в которыя от дождя и снегу внутрь церкви происходит теча, в окнах же некоторыя оконницы стекляныя обветшали же, и в те окны происходит теча же, а на своде церковном под кровлею, по неимению в ветренницах оконниц, натаскано от птиц множество хворосту и всякого сору, да и пол в церкви древяной ветх же, почему без починки и священно-служения в той церкви совершать неспособно; и как вокруг оной никакой ограды не имеется, то по веснам от рек Клязьмы и Нерли подступает под ту самую церковь полая вода, от которой и фундамент подмывается и из стен исподние белые камни обивает льдом. Отделенные же к той церкви прихожане Экономического ведомства с. Боголюбова староста со крестьяны, выслушав оной указ, при означенных священниках сказали, что состоящия в той церкви ветхости, по малоимению отделенных к оной приходских дворов и по недостаткам на то у них капитала, починить они не в состоянии, в чем и взята с тех прихожан сказка, которую прилагаем при сем доношении». После такого доклада оставалось только дать испрашиваемое Боголюбовским настоятелем разрешение разобрать Покровскую церковь, и епископ Виктор действительно так и сделал. «Как прихожане от возобновления ветхостей Покровской церкви по недостатку капитала отказались, то оную церковь разобрать и материал употребить на построение в Боголюбове монастыре церкви; приход приписать к сельской (Боголюбовской) церкви и утварь церковную перенести и священнику при ней числиться. А колокола, ежели имеются, взять в наш Успенский собор. О упразднении оной за ветхостью в посылаемой в Св. Синод ведомости означить». Казалось, на этот раз судьба Покровского старинного храма была решена окончательно. Но Промысл Божий не допустил осуществиться этому плану. Незначительные на вид препятствия спасли от разрушения старинный памятник священной нашей старины. Докладывая о получении консисторского указа на разрушение и перевезение материалов Покровской церкви, игумен Парфений в ноябре месяце того же года пишет Преосвященному Виктору: «Но понеже ко мне игумену приходят многие подрядчики для разобрания означенной Покровской церкви, но оные просят весьма дорогую цену, которую я дать им не в состоянии, того ради Вашему Высокопреосвященству сим представляю, что не благоволено ль будет помяненную Покровскую церковь оставить на прежнем основании приходскою». «Показанной церкви», написал на докладе еп. Виктор, «быть по прежнему приходскою». Покровская церковь была, таким образом, спасена для потомства. Дело ограничилось только уничтожением деревянной колокольни находившейся над входными воротами бывшего Покровского монастыря. Об этой колокольне деревянной, которая по словам Парфения, «вместе с святыми вратами давно обветшала и приходит к разрушению, почему и колокола с ней сняты», Боголюбовской игумен входил к еп. Виктору с особым прошением в июле месяце того же 1784 года, и на основании этого прошения ему было разрешено ветхую колокольню разобрать и материалы употребить на кирпичные заводы Боголюбова монастыря на обжиг кирпича.
Священник Сретенской церкви Петр Федоров и прихожане его в 1787 г. подали на имя преосвященного Виктора прошение, в котором заявляли, что в новоустроенной холодной церкви Сретенской «в зимнее время службы исправлять и приходящим для слушания стоять — не без трудности», а потому просили разрешения перевести в Солдатскую слободу из упраздненного Покровского монастыря теплую деревянную церковь во имя трех святителей («в коей священнослужения не исправляются») и построить ее в тож храмоименование близ настоящей Сретенской церкви. В виду такого резонного ходатайства причта и прихожан Сретенской церкви преосвященным наведены были нужные справки в Консистории и в результате их оказалось, «что в объявленном упраздненном Покровском монастыре теплая древянная во имя трех святителей церковь имеется, на посланной-же из Консистории указ при репорте от смотрителя благочиния села Красного священника Андрея Степанова прислана взятая того упраздненного монастыря с священно-церковнослужителей с прихожаны скаска, в коей показано, что они ту триех святительскую церковь, с имеющимся в ней иконостасом в Солдатскую слободу отдать согласны». Приняв во внимание все эти обстоятельства, преосвященный Виктор на прошение Петра Федорова, с прихожанами дал благословенную грамоту о перевозке из упраздненного Покровского монастыря теплой трех святительской церкви и о построении ее в Солдатской слободе «близ состоящей холодной Сретенской с южной страны... в тож храмоименование». Теплая Трехсвятительская церковь Покровского монастыря с иконостасом была перевезена в 1788 г. и устроена возле церкви Сретения иконы Пресвятой Богородицы.
В 1789 году, по просьбе игумена Иоанна, в Боголюбов монастырь возвращены были из Кафедрального Успенского собора взятые некогда в Покровском монастыре, при упразднении его, крест и серебряная сосуда.
В 1795 г. была устроена лестница на хоры изнутри храма, через разобранный свод в северо-западном углу.
Земли монастыря поступили во владение крестьян села Нового, которые вздумали воспользоваться камнем Покровской церкви, для постройки храма в своем селе вместо деревянной церкви, уже обветшавшей. Епископ Владимирский и Суздальский Виктор дал им разрешение разобрать эту церковь и перевести в Новое село. Они отправились в числе нескольких человек к церкви. Для ее разбора. Так как, обыкновенно, прежде всего снимают крест, то один из них, будучи совершенно здоровым, полез к кресту, но только он приступил к работе, тотчас же ослеп. Его с трудом сняли, и после этого уже никто не решился на подобное дело, воображая, что такое несчастье может случиться с каждым. Это чудо поразило всех и новосельские крестьяне оставили свое намерение. После этого вместо каменной церкви в Новом опять была выстроена деревянная церковь. В 1831 г. в с. Новом была выстроена каменная церковь Илии Пророка, освящена в 1843 г.
